Le comité national a pour objectif de promouvoir une politique active, aux niveaux national, régional et local, favorable à la préservation et la gestion de ces écosystèmes, dans le cadre du développement durable des collectivités concernées.
Il élabore le programme d’actions national, assure le suivi de la mise en œuvre des actions dans les collectivités et leur intégration dans les cadres régionaux existants.
Il formule des recommandations et des avis sur les moyens d’assurer la protection et la gestion durable des récifs.
Il favorise les échanges entre les élus, les socioprofessionnels, les administrations, les techniciens et scientifiques.
Il doit également assurer la recherche de financements nationaux, européens et internationaux.
Pour mettre en œuvre ce plan d’action, le comité national coordonne les échanges entre les comités locaux présents dans les différentes collectivités françaises d’outre-mer abritant des récifs coralliens : Guadeloupe, Saint Barthélemy, Saint Martin, Martinique, La Réunion, Mayotte, les îles Eparses (TAAF), Nouvelle-Calédonie, Wallis et Futuna, Polynésie française